В Web IDE (PhpStorm и WebStorm), как и во всех нормальных программах, есть возможность работать с переносного диска, будь то флешка или какое-то другое устройство.
Устанавливаем IDE в нужное нам место (у меня это z:\webide).
Идём в z:webidebin, находим там idea.properties. Его будем править.
Нас интересуют idea.config.path и idea.plugins.path. Исправляем ${user.home} на ${idea.home}.
Теперь все наши настройки будут хранится там, куда мы установили приложение.
idea.system.path устанавливать в ${idea.home} при использовании на медленных устройствах не стоит: там хранится индекс проекта, который активно используется и занимает довольно много места.