В последней версии Zend Studio 6.1.0 довольно часто вылезает довольно гадкая ошибка:
An internal error occurred during: "Building PHP projects ...". java.lang.NullPointerException
После такой ошибки перестаёт нормально работать дополнение кода.
Многие предлагают переставить ZSE, либо вообще её перестать использовать, но есть простое решение:
Project — Clean… — Clean all projects