Есть в CI в файле конфигурации config.php некая настройка: $config['base_url'], которая задаёт базовый URL для сайта. Нужна она тогда, когда сайт находится в подпапке.
В большинстве случаев значение совпадает с корнем домена, так что можно сделать так:
$config['base_url'] = 'http://'.$_SERVER['HTTP_HOST'].'/';
Так нам не придётся менять конфигурацию при переносе с локальной машины на сервер.
p.s. немного вкусненького. Выложил php.a. Номера с 2002 по 2007. Последний год неполный. Если спросит, волшебное слово — gift.
Если кому всё ещё нужны — говорите ;)