Для PEAR под Windows существует инсталлятор, в процессе работы которого можно указать пути к различным директориям, в том числе к той, что содержит pear.ini. После завершения установки необходимо запустить файл PEAR_ENV.reg, который должен выставить переменные окружения, влияющие на пути.
После перезапуска консоли набираем pear config-show и ищем сточку User Configuration File. Если там путь, который вы указали при установке, а не C:\\windows\pear.ini, у вас всё сработало как надо.
Если нет, переименовываем файл PEAR_ENV.reg в PEAR_ENV.bat и немного правим:
setx PHP_PEAR_SYSCONF_DIR C:\\ваш\\путь setx PHP_PEAR_INSTALL_DIR C:\\ваш\\путь
Запускаем, перезапускаем консоль, проверяем pear config-show.
